Greenpeace ließ das Dampfschiff Grampian Fame in Hamburg zum Motorsegler umbauen. In einer eineinhalbjährigen Umbauphase wird das Schiff mit einem neuen Segel-Motor-Antrieb ausgerüstet, mit dem es den Pazifik notfalls auch ohne Treibstoff überqueren kann. Diese neue Technologie soll besonders für ärmere Länder zukunftsweisend sein. Trotz geringen Treibstoffverbrauchs ist die Rainbow Warrior II recht schnell, wendig und flexibel einsetzbar.

1991 ist die Rainbow Warrior II gegen Treibnetz-Fischerei im Pazifik unterwegs. Das Schiff beendet das Jahr mit Protesten gegen die französischen Atomtests auf dem Moruroa-Atoll. Während der Kampagne gegen Atomtests im März 1992 kommt es zu einer Konfrontation mit der französischen Marine. Erstmalig in der Geschichte werden die Bilder dank neuer Videotechniken live in alle Welt übertragen.
Bei der Protestfahrt gegen die wiederaufgenommene Atombomben-Testreihe der französischen Regierung 1995 im Südpazifik erlebt die Rainbow Warrior II wohl einige ihrer dramatischsten Momente. Sie wird gerammt und unter Einsatz von Gewalt und Tränengas von der französischen Marine geentert. Im September 1996 segelt das Aktionsschiff nach Chile. Dort begleitet es zwei Monate die Fischerei-Kampagne und wird daraufhin von der Regierung aus chilenischen Gewässern verbannt.
Den November und Dezember 1997 über ist die Rainbow Warrior II in Australien bei Forschungsarbeiten an Plankton, Haien, Korallen, Walen und Vögeln im Einsatz. Ziel ist es die Auswirkungen der Öl- und Gasanlagen auf die Korallenriffe zu dokumentieren. Das Schiff beginnt im Juni 1998 mit der Unterstützung der Klima- und Ölkampagne in Mexiko. Im November startet mit der Rainbow Warrior II ein humanitäres Hilfsprojekt wegen der Zerstörungen des verheerenden Hurrikans Mitch in Zentralamerika. Greenpeace bringt Hilfsgüter nach Nicaragua. Ende November erreicht die Rainbow Warrior II Indien und startet von dort im Dezember mit der Toxic-Free-Asia-Kampagne. Es ist das erste Mal, dass sich ein Schiff der Greenpeace-Flotte in Indien befindet. Von Indien geht es über Thailand und die Philippinen nach China. Im April 1999 erreicht die Rainbow Warrior II Japan.
Den gesamten September 2000 verbringt der Greenpeace-Segler in Mort Bay in Sydney und begleitet die Green Games. Auf dem Schiff gibt es Besichtigungstage und Pressekonferenzen anlässlich der Olympischen Spiele. Das Konzept der Green Games hat Greenpeace mit entwickelt. Die Green Games zeichnen sich durch umweltfreundliche Energieversorgung, saubere Baustoffe sowie Müllreduzierung und Müllwiederverwertung aus.
Ende März 2001 erreicht das Schiff die Marshall Islands (USA). Dort protestiert Greenpeace gegen das geplante amerikanische Raketenprogramm Star Wars. Das Schiff tourt im Rahmen der Star Wars-Kampagne den Sommer über entlang der US-amerikanischen Ostküste.
Anfang 2002 wird die Greenpeace stillgelegt. Die Rainbow Warrior übernimmt deren Aufgaben im Februar. Im April kommt sie bei der Aktion gegen den Holzfrachter Balaban 1 im Hafen von Den Haag zum Einsatz. Die Balaban hat 4000 Kubikmeter Holz aus Amazonien geladen. Zu einer weltweiten Informationstour über Erneuerbare Energie bricht die Rainbow Warrior zwei Monate später auf. Im Vorfeld des Weltgipfels für nachhaltige Entwicklung in Johannesburg besucht sie auch die südafrikanische Stadt.
März 2003: Die Rainbow Warrior ist vor dem spanischen Marinestützpunkt Rota, um an einer Aktion gegen das US-amerikanische Kriegstransportschiff Cape Horn teilzunehmen. Die Aktion soll auf die Unterminierung der UN-Charta durch den Irak-Krieg hinweisen.
Die Quittung für diese Aktion erhält sie im Juni: Während einer friedlichen Aktion in Valencia/Spanien gegen die Zerstörung der letzten Urwälder in Afrika wird sie von spanischen Sicherheitskräften in Gewahrsam genommen von den Behörden mehrere Wochen festgehalten. Greenpeace soll eine für Schwerverbrechen vorgesehene Kaution für das Schiff zahlen. Nachdem über 30.000 Menschen aus aller Welt protestiert haben, setzen die Behörden die Kaution drastisch herunter und die Rainbow Warrior kann weiter für den Urwaldschutz fahren.
Im September des Jahres ist das Greenpeace-Schiff vor Island, um die Isländer über den Walfang zu informieren. Von der Polizei wird das Schiff erneut im Dezember im Hafen von Mumbai/Indien festgehalten. Die Rainbow Warrior war vor indischen Gewässern unterwegs, um Schrottschiffe aufzuspüren. Solche Schiffe werden unter unglaublichen Bedingungen am Strand von Alang verschrottet.
Nach dem Tsunami in Südostasien transportiert die Rainbow Warrior im Januar 2005 für Hilfsorganisationen rund 450 Tonnen Nahrung und Hilfsgüter nach Nordsumatra (Aceh). Zu erneutem Polizeikontakt kommt es im Juli im Hafen von Newcastle/Australien. Greenpeacer hatten mit dem Schiff vor einem Verladeterminal gegen den Kohleabbau in Australien und dessen Auswirkungen protestiert.
Zu einer dreimonatigen Tour durchs Mittelmeer bricht die Rainbow Warrior im Juni 2006 von Genua auf. Es kommt zum Zusammentreffen mit italienischen Piratenfischern. Noch während der Bombardierung des Libanons transportiert die Rainbow Warrior im August Hilfsgüter für die Ärzte ohne Grenzen von Zypern nach Beirut.
Ihren letzten großen Einsatz hat die Rainbow Warrior II in Japan. Nach dem verheerenden Tsunami und dem Atomunglück führt die Rainbow Warrior II-Crew bei Fukushima die Messungen durch.
Am 16. August 2011 übergibt Greenpeace schließlich das Regenbogenschiff an die Nichtregierungsorganisation Friendship
. Nach 22 Jahren im Dienst von Greenpeace fährt die Rainbow Warrior II dort unter dem Namen Rongdhonu, dem bangladesischen Wort für Regenbogen. Friendship baut das Schiff als schwimmende Versorgungsstation um. In Bangladesch soll die Rongdhonu dann in schwer zugängliche Gebiete vordringen, wo die Menschen bereits heute die Auswirkungen der Klimaveränderung spüren. Das schwimmende Krankenhaus wird Erste Hilfe, Arzneimittel und ärztliche Unterstützung zur stark gefährdeten Bevölkerung bringen, die bislang wenig oder keinen Zugang zu medizinischer Grundversorgung hat.