Im Frühjahr 1978 kommt die Rainbow Warrior zum ersten Mal für eine Kampagne gegen den isländischen Walfang zum Einsatz. Im folgenden Jahr protestiert die Crew gegen den britischen Transporter Gem, der versucht, 5000 Fässer mit radioaktiven Abfällen zu verklappen. Eines der fast 300 Kilogramm schweren Stahlfässer kracht auf ein Schlauchboot herab und verfehlt Mitglieder der Crew nur knapp. Im Herbst wird das Schiff auf den schottischen Orkney-Inseln eingesetzt. Das Töten von 6000 Kegelrobben durch norwegische und britische Jäger wird verhindert.

Es folgen im Jahr 1979 weitere Aktionen gegen den Walfang. Bei der Einfahrt des Schiffes in isländische Gewässer werden aus kurzer Distanz fünf Harpunen auf die Crew abgefeuert. In Island wird die Crew widerrechtlich in Gewahrsam genommen. Gegen den Kapitän und den Greenpeace-Vorstand in London wird eine einstweilige Verfügung erlassen, die Ausrüstung der Rainbow Warrior beschlagnahmt.
Beim Protest gegen die Entladung japanischen Atommülls zur Wiederaufbereitung in La Hague in Frankreich wird die Rainbow Warrior 1980 von einem französischen Marineschiff gerammt. Im selben Jahr blockiert die Rainbow Warrior ein Schiff der Bayer-Werke in den Niederlanden, das chemischen Müll in die Nordsee verklappen soll. Zwei Jahre später stellt die Firma Bayer die Verklappung ein.
1981 wird die Rainbow Warrior für die Kampagne gegen das Abschlachten von neugeborenen Sattelrobben vor der Ostküste Kanadas eingesetzt. Mitglieder der Crew werden verhaftet, als sie das Fell der Jungrobben mit ungiftiger Farbe grün einfärben, um sie für den Handel wertlos zu machen. Auch 1982 wird das Schiff gegen die Robbenjagd in den Eisfeldern um Neufundland verwendet. Wieder werden Crew-Mitglieder verhaftet, die mehreren hundert Jungtieren das Leben retteten. Auf dem Höhepunkt der Kampagne beschließt die EG ein Einfuhrverbot für Felle von Jungrobben. Das bedeutete das Ende der kommerziellen Robbenindustrie.
Im Beringmeer protestiert die Crew der Rainbow Warrrior 1983 gegen die Treibnetzfischerei, durch die jährlich tausende Seevögel und Meeressäuger getötet werden. In Sibirien dokumentiert die Besatzung illegale russische Walfang-Aktivitäten bei Lorino. Dort werden jährlich mehrere hundert kalifornische Grauwale getötet.
Nach dem Umbau auf einen kombinierten Segel-Motor-Antrieb werden 1984 die Segel in Richtung Pazifik gesetzt. Von Hawaii aus geht es zu den Marshall-Inseln mit Werkzeugen, Büchern und medizinischen Hilfsgütern. Die Bewohner leiden unter den Auswirkungen von US-Atomtests der 50er Jahre.
Das ehemalige Greenpeace-Flaggschiff gelangt zu trauriger Berühmtheit, als es nach zehn Jahren erfolgreicher Arbeit - auch gegen französische Atombombenversuche auf dem Moruroa-Atoll - durch einen Bombenanschlag zerstört wird. Der Greenpeace-Fotograf Fernando Perreira wird dabei getötet.
Die Spur führt sehr schnell zum französischen Geheimdienst. Nach anfänglichem Leugnen gibt die Regierung Mitterand zu, von dem geplanten Attentat gewusst zu haben. Verteidigungsminister Charles Hernu tritt zurück. Die UN vermitteln zwischen den beiden Ländern, Frankreich muss 13 Millionen NZ-Dollar an Neuseeland zahlen. Greenpeace erhält später 8 Millionen US-Dollar Entschädigung.
Zwei der Agenten kommen in Neuseeland vor Gericht und werden zu langen Haftstrafen wegen Totschlags und Sachbeschädigung verurteilt. Durch massiven Druck erreicht Frankreich die Auslieferung der Schuldigen, die dort nach insgesamt wenig mehr als zwei Jahren Haft wieder auf freiem Fuß sind.
Die zerstörte Rainbow Warrior wird von Greenpeace in die Matauri-Bucht geschleppt und nicht weit vom Strand mit einer feierlichen Zeremonie versenkt. Die Maori errichten ihr ein Denkmal aus Natursteinen. Heute ist sie ein beliebtes Ziel für Touristen und Taucher. Vom Denkmal aus, einem großen Bogen und einer Steinsäule mit der Schiffsschraube der Rainbow Warrior, ist das Wrack durch das klare Wasser zu sehen. Längst ist es zum künstlichen Riff für die Meereslebewesen geworden.