
Die Greenpeace Schiffe spielen eine wichtige Rolle innerhalb der Organisation. Sie begleiten die Greenpeace Kampagnen an vorderster Front und segeln oft in weit entfernte Gegenden der Welt. Mit Hilfe der Schiffe werden Beweise gegen die Umweltzerstörung und den Raubbau durch den Menschen gesammelt und dokumentiert.
Im Oktober 2011 ist als Nachfolgerin der Rainbow Warrior II, die Rainbow Warrior III für Greenpeace in den Dienst getreten. Sie ist bislang das erste Schiff, das von Greenpeace International komplett neu gebaut wurde. Die Rainbow Warrior III ist eines der umweltfreundlichsten Schiffe ihrer Klasse. Am 14. Oktober 2011 wurde sie in Berne bei Bremen feierlich getauft.
Rainbow Warrior II ist ein ehemaliger Fischtrawler, der mit Segeln ausgerüstet wurde. Ihre Vorgängerin, die Rainbow Warrior, wurde 1985 im Südpazifik vom französischen Geheimdienst versenkt. Mit dem Slogan "Einen Regenbogen kann man nicht versenken", schickte Greenpeace im Jahr 1989 die Nachfolgerin auf die Weltmeere. Die Rainbow Warrior II war gegen Atombombentests ebenso im Einsatz wie gegen die Treibnetzfischerei. Sie unterstützte Kampagnen zum Schutz des Klimas, gegen die chemische Vergiftung und gegen das amerikanische Raketenprogramm Star Wars.
Am 16. August 2011 wurde das Regenbogenschiff von Greenpeace an die Nichtregierungsorganisation Friendship
. Nach 22 Jahren im Dienst von Greenpeace fährt die Rainbow Warrior II dort unter dem Namen Rongdhonu, dem bangladesischen Wort für Regenbogen. Friendship baut das Schiff als schwimmende Versorgungsstation um. In Bangladesch soll die Rongdhonu dann in schwer zugängliche Gebiete vordringen, wo die Menschen bereits heute die Auswirkungen der Klimaveränderung spüren. Das schwimmende Krankenhaus wird Erste Hilfe, Arzneimittel und ärztliche Unterstützung zur stark gefährdeten Bevölkerung bringen, die bislang wenig oder keinen Zugang zu medizinischer Grundversorgung hat.
Arctic Sunrise, ein ehemaliger Frachter und Eisbrecher, wurde 1996 für Greenpeace umgerüstet. Das Schiff kann ohne aufzutanken einmal um die Welt fahren. Die Arctic Sunrise erstellte Dokumentationen von Öl- und Gasplattformen in der Nordsee, die versenkt werden sollten und unternahm diverse Klimaexpeditionen in die Antarktis, vor die Südspitze Argentiniens und nach Alaska. Auch gegen japanische Waljäger war die Arctic Sunrise im Südpolarmeer im Einsatz.
Esperanza ist das größte und schnellste Greenpeace-Schiff. Das ehemalige Forschungsschiff mit Eisklasse nahm im Frühjahr 2002 für Greenpeace die Arbeit auf. Im November 2005 startete Greenpeace mit der Esperanza auf seine längste bislang durchgeführte Expedition. Sie führte einmal um den gesamten Globus und endete im März 2007 in Japan. Aufgrund ihrer Schnelligkeit war die Esperanza in der Lage, die japanische Walfangflotte bei ihrer illegalen Jagd in der Antarktis im Winter 2005/2006 zu verfolgen und zu behindern. Sie kehrte auch in der Saison 2006/2007 und 2007/2008 in die antarkische Walschutzzone zurück, um möglichst viele Wale vor den Harpunen der japanischen Walfänger zu schützen.
Im August 2004 wurde die Beluga II in Dienst gestellt. Das Schiff vom Typ Klipper ersetzt die alte Beluga. Mit der Beluga II wurde erstmals ein Schiff für Greenpeace neu gebaut. Alle anderen Schiffe zuvor, wie die Rainbow Warrior oder die Arctic Sunrise, wurden von Greenpeace gechartered und entsprechend umgebaut.