Der warme Sommer 2002 und Gülle-Einleitungen aus der Landwirtschaft werden für das Problem verantwortlich gemacht. Die höheren Nährstoffmengen durch die Gülle fördern das Wuchern von Algen, die dann wiederum den Sauerstoff verzehren. Die meisten Messstationen haben inzwischen einen Gehalt von durchschnittlich nur noch 0.3 Milligramm Sauerstoff je Liter Wasser ermittelt. Ab zwei Milligramm leiden die Fische unter Atemnot.
Der Sauerstoffgehalt der Ostsee regeneriert sich normalerweise durch Wind, Regen und kühlere Temperaturen. Besonders die Herbststürme tragen zur Vermischung verschiedener Wasserqualitäten bei. Ob der gemessene Sauerstoffmangel die Ostsee umkippen lassen könnte, steht nach Ansicht des schleswig-holsteinischen Umweltministers Klaus Müller noch nicht fest.
