Felder, auf denen Gen-Mais angebaut werden soll, müssen bis drei Monate vor der Aussaat gemeldet werden. Ob sich jedoch alle Landwirte an geltendes Recht halten und ihre Gen-Felder melden, ist oft unklar. Greenpeace hat bei den zuständigen Überwachungsbehörden der Länder nachgefragt, wie 2008 die Angaben des Standortregisters und der Anbau überprüft wurden. Das juristische Gutachten macht deutlich, dass es keine bundesweit einheitlichen Kontrollen gibt. Oft wird der Anbau nur anlassbezogen überwacht, zum Beispiel wenn Dritte Anzeige erstatten.
In den vergangenen Jahren hat sich zudem gezeigt, dass nicht auf der gesamten registrierten Fläche Gen-Mais angebaut wurde. Im Jahr 2008 wurden rund 1400 Hektar weniger Gen-Mais ausgesät, als zunächst im Standortregister angemeldet waren. Die Abmeldungen erfolgten allerdings oft erst lange nach der Aussaat. Das Standortregister soll Transparenz schaffen und die gentechnikfreie Landwirtschaft sowie Imkereien vor Verunreinigungen mit Gen-Pflanzen schützen, deshalb müssen Änderungen der Anbauflächen auch unverzüglich mitgeteilt werden.
