Die sogenannten BtL-Kraftstoffe (Biomass to Liquid) werden in einem zweistufigem Verfahren produziert. Zunächst wird Biomasse in Synthesegas umgewandelt. Anschließend wird aus dem Gas synthetischer Treibstoff hergestellt. Langfristig sollen Agrotreibstoffe der zweiten Generation die bisher verwendeten 'Bio'-Treibstoffe ersetzen.
Im Vergleich zu den bisher verwendeten Agrotreibstoffen aus den Samen ölhaltiger Pflanzen scheinen die BtL-Kraftstoffe einige Vorteile mitzubringen. Theoretisch können sie aus viel mehr Rohstoffen gewonnen werden. Zum Beispiel aus Restholz oder Stroh.
Außerdem wird ein höherer Energieertrag und ein geringerer CO2-Ausstoß erwartet. Hinzu kommt, dass die Rohstoffe zur Herstellung von Agrokraftstoffen der zweiten Generation nicht in direkter Konkurrenz zur Nahrungsmittelproduktion stehen.
Zum jetztigen Zeitpunkt können die Folgen für Klima und Umwelt jedoch noch nicht ausreichend abgeschätzt werden. Nach Untersuchungen des Institutes für Energie und Umweltforschung in Heidelberg bestehen mit Blick auf Treibhausgase und Energie keine grundsätzlichen Vorteile für BtL-Kraftstoffe. Schließlich besteht zur Herstellung ein enormer Bedarf an Energie und Rohstoffen.
Bisher kommt nur Holz als Rohstoff in Frage. Die anfallenden Holzabfälle reichen aber nicht zur angestrebten Produktionsleistung aus. Holzplantagen sollen so einen großen Anteil zur Rohstoffdeckung beitragen. Diese könnten wiederum Anbauflächen für Nahrungsmittel in Anspruch nehmen und somit doch negative Auswirkungen auf den Nahrungsmittelmarkt nach sich ziehen.
Greenpeace-Expertin Ulrike Kallee warnt: Der enorme Rohstoffbedarf der Anlage wird ohne Importe von Energiepflanzen von überall auf der Welt nicht befriedigt werden können.
Ein Transport der Rohstoffe über weite Strecken wirkt sich allerdings negativ auf die Ökobilanz des neuen Agrotreibstoffes aus.
Eine Ablösung der bisherigen Agrotreibstoffe durch die neuen BtL-Kraftstoffe ist bisher nicht in Sicht. Zum einen werden sie noch nicht in großen Mengen hergestellt. Zum anderen sind die Produktionskosten noch teurer als bei den Treibstoffen der ersten Generation. Um den Sprit marktfähig zu machen, müsste er hoch subventioniert werden.
Auch die Agrotreibstoffe der zweiten Generation sind keine Lösung zur Senkung der CO2-Emissionen im Bereich Verkehr. Die effektivste Maßnahme zur CO2-Reduzierung sieht Greenpeace in der Einsparung von Kraftstoffen. Das kann zum Beispiel über ein Tempolimit von 120 Stundenkilometern auf deutschen Autobahnen erreicht werden.